У меня на карточках с размерной сеткой та же история была, когда gtin добавляла. Действительно валидация не пропускает разные цены на размеры в момент сохранения изменений. Fanny правильно написал, что нужно на время выровнять цены, сохранить карточку с gtin, а потом вернуть каждому размеру свою цену. Только после возврата отдельных цен проверьте, что карточка не ушла на повторную модерацию из за изменения цен. У меня один раз после возврата цен карточка на сутки встала на проверку, но потом все применилось. Еще советую перед такими манипуляциями скопировать текущие цены каждого размера в таблицу, чтобы потом не вспоминать, где какая была. Это работает, проверено.